Z uwagi na specyficzny tryb zatrudniania w szkołach publicznych księży, zakonnic, katechetek oraz katechetów nie jest dozwolone prowadzenie przez te osoby, zajęć w szkołach publicznych z innych przedmiotów niż lekcja religii. Mogą one prowadzić zajęcia dydaktyczne jedynie w zakresie określonym przez właściwe władze zwierzchnie kościoła lub związku wyznaniowego, zawartym w pisemnym skierowaniu do danego przedszkola lub szkoły wydanego.

Każdy nauczyciel może prowadzić zajęcia tylko w zakresie przedmiotu, do którego ma kwalifikacje. Jeśli nauczyciel religii ma kwalifikacje również do nauczania matematyki, to może prowadzić zajęcia z religii i matematyki. Matematyk także nie ma prawa prowadzić lekcji z innego przedmiotu niż matematyka, natomiast może prowadzić zajęcia opiekuńcze - i takie prowadzi na zastępstwie z innego przedmiotu niż matematyka.

Katalog uprawnień ww. osób jest określony w § 5 i następnych paragrafach Rozporządzenia MEN z dnia 14 kwietnia 1992 roku i jako wyjątek od reguły nie może być interpretowany rozszerzająco. Nie jest również możliwe prowadzenie tzw. doraźnych zastępstw, polegających na prowadzeniu lekcji religii zamiast lekcji innego zastępowanego przedmiotu, w przypadku gdy nie wszyscy uczniowie danej klasy zadeklarowali uczestniczenie w lekcjach danej religii. Jeśli 100 % uczniów w klasie jest zapisanych na religię danego wyznania, nauczyciel religii może podczas zastępstwa prowadzić religię, ale zwyczajowo "oddaje" 1 godzinę, którą "zabrał" innemu przedmiotowi (taka przyjęła się praktyka w szkołach).

Jeśli nauczyciel religii nie jest jednocześnie nauczycielem innego przedmiotu tj. ma uprawnienie tylko i wyłącznie do nauczania religii na podstawie skierowania władz zwierzchnich związku wyznaniowego (wymagane jest przygotowanie pedagogiczne do nauczania religii; należy przez to rozumieć nabycie wiedzy i umiejętności z zakresu psychologii, pedagogiki, katechetyki i dydaktyki, nauczanych w powiązaniu z teologią w wymiarze nie mniejszym niż 270 godzin oraz odbycie pozytywnie ocenionych praktyk pedagogicznych), a zatem nie ma przygotowania pedagogicznego do nauczania innych przedmiotów, a jego sytuację prawną normuje § 5  Rozp. 1992 r. dyrektor nie może powierzać mu zastępstwa.

Nauczyciel religii jest zatrudniony w oparciu o Kartę Nauczyciela ale nie jest "pełnoprawnym nauczycielem" (w potocznym rozumieniu). Warto wskazać § 7. 1. Rozporządzenia - "Nauczyciel religii wchodzi w skład rady pedagogicznej szkoły, nie przyjmuje jednak obowiązków wychowawcy klasy". Nauczyciel religii nie realizuje państwowej podstawy programowej, nie ma w rozporządzeniu ws. podstawy programowej ustalonej podstawy programowej dla nauczania religii. Nauczyciel religii uczy na postawie przedstawionego Ministerstwu programu nauczania opracowanego przez Kościół. Nie jest to więc nauczyciel "jak każdy inny". Ponadto, nauczanie religii to jest sprawa wewnętrzna związku wyznaniowego. Nauczanie religii związek wyznaniowy może prowadzić również w szkole, po spełnieniu warunków określonych w przepisach i ustaleniach z państwem, np. co do minimalnych kwalifikacji nauczycieli, którzy będą prowadzić zajęcia z religii. Nauczyciel religii nie jest nauczycielem "jak każdy inny". Jest "nauczycielem religii" - jest to dookreślone zawsze tym, że jest nauczycielem religii, a nie nauczycielem "ogólnie". Jest nauczycielem tylko w wąskim, wyznaczonym przez przepisy obszarze - religii.
 
Jeżeli nauczyciel religii ma kwalifikacje do nauczania innych przedmiotów, to może zostać zatrudniony w szkole po prostu jako nauczyciel, nie zaś na podstawie misji kanonicznej. Jeśli nauczyciel utraci missio canonica do prowadzenia religii w danej szkole, to nie traci pracy jako nauczyciel zatrudniony w szkole w normalnym trybie. Kwalifikacje nauczycieli religii wynikają z zupełnie innego porządku niż kwalifikacje nauczycieli-przedmiotowców. Rozp. ws religii - (§ 6.15) Kwalifikacje zawodowe nauczycieli religii określają odpowiednio Konferencja Episkopatu Polski Kościoła Katolickiego oraz właściwe władze zwierzchnie kościołów lub innych związków wyznaniowych – w porozumieniu z Ministrem Edukacji Narodowej". Nie są to więc te same zasady i przepisy, które obowiązują nauczycieli.
 

Wykonywanie tzw. „zastępstw" w szkole publicznej przez ww. osoby, niezależnie od braku podstawy prawnej, może w przypadku nieszczęśliwych zdarzeń losowych, w czasie takich zajęć, skutkować modyfikacją odpowiedzialności cywilnej za szkody na osobie i mieniu, a w konsekwencji może rodzić wątpliwości co do zakresu obowiązywania ochrony ubezpieczeniowej, wynikającej z  zawieranych przez szkoły umów ubezpieczeniowych (NNW).