Zatrudnienie katechety na zastępstwo (długoterminowe) odbywa się tylko na podstawie skierowania biskupa. Dyrektor szkoły zatrudnia nauczyciela religii wyłącznie na podstawie misji kanonicznej wydanej w przypadku Kościoła Katolickiego przez biskupa diecezjalnego (§ 5 rozporządzenia MEN z 14 kwietnia 1992 r.). Dyrektor szkoły bez imiennego pisemnego skierowania do nauczania religii w danej szkole wydanego przez właściwego biskupa nie ma podstaw do zatrudnienia danej osoby na stanowisku nauczyciela religii.

W przypadku organizowania zastępstwa doraźnego za zajęcia religii nie zawsze uda się zapewnić w to miejsce zajęcia religii prowadzone przez innego katechetę, może się zdarzyć, że będą to zajęcia z nauczycielem innego przedmiotu niż religia. W tej sytuacji lekcje organizowane w ramach zastępstwa doraźnego powinny być wyłącznie zajęciami o charakterze opiekuńczym. W związku jednak z tym, że brak jest szczegółowych zasad dotyczących organizowania zastępstw za zajęcia religii, zdarza się, że w ramach takiego zastępstwa odbywają się jedne z zajęć obowiązkowych, podczas których normalnie realizowany jest program tych zajęć. Uczniowie nieuczestniczący w zajęciach religii

odbierają te sytuacje jako wykluczające i dyskryminujące. Warto podkreślić, że nie dochodziłoby do problemów z organizacją zastępstw doraźnych za zajęcia religii, gdyby zajęcia te nie były umieszczane w środku dziennego planu zajęć (wtedy bowiem wystarczyłoby odwołać zajęcia dla danej grupy uczniów). W takiej sytuacji warto zwrócić się do dyrekcji szkoły z wnioskiem o zmianę planu zajęć, który udostępniliśmy w zakładce Wzory pism. Praktyka powyższa narusza bowiem zasady organizacji lekcji religii i etyki zapisane w Rozporządzeniu Ministra Edukacji Narodowej z dnia 14 kwietnia 1992 roku w sprawie warunków i sposobu organizowania nauki religii w publicznych przedszkolach i szkołach. (Dz. U. z dnia 24 kwietnia 1992 r. z późn. zm.) § 1. 1. ust. 3 Uczestniczenie lub nieuczestniczenie w przedszkolnej albo szkolnej nauce religii lub etyki nie może być powodem dyskryminacji przez kogokolwiek w jakiejkolwiek formie.

Fundacja uznaje za zasadne wprowadzenie przepisów, które nakazywałyby umieszczanie zajęć fakultatywnych (w tym m.in. lekcji religii) poza blokiem zajęć obligatoryjnych. Takie dopiero rozwiązanie zapewniłoby prawidłową organizację zajęć religii w szkołach. Obecnie obowiązujących przepisów nie można uznać za regulacje efektywnie zapewniające niedyskryminujące zasady organizacji katechezy oraz tworzące obszar maksymalnej swobody podjęcia przez ucznia (bądź jego rodziców) decyzji co do uczestniczenia w zajęciach religii.